Informatics@TaiBIF

活動網頁：http://www.bio.ncue.edu.tw/arr/actnews.php?Sn=1

活動時間：2010-01-20 ~ 2010-01-21

活動地點：國立彰化師範大學進德校區

可以在 TaiBIF 新增的功能：

1. Darwin Core 格式的介紹網頁。
2. 讓使用者下載出現記錄的點位資料。

活動心得：

　　我們是以海報展示的形式參加這次研討會，海報內容是介紹 TaiBIF 網站。在介紹的過程中我強調我們網站是定位在＂資料整合＂、＂入口網站＂。由於是作整合的動作，所以我們只有介紹比較普遍的資訊，真正該研究背景的人想看到比較詳細的資料的話，還是需要回到出現記錄提供單位機構的網站；也就是說其他機構不會因為將出現記錄提供給我們之後，使用者就不會再去他們的網站了。

　　之前因為沒有一個整合所有機構出現記錄的網站，所以國內使用者如果要查詢一個物種的出現資料時，必須要一個個到可能有該物種資料的網站作搜尋，可以想像是相當的費時費力，而 TaiBIF 網站的出現就是為了解決這個問題。現在使用者只需要到 TaiBIF 上面查詢就會看到國內有相關資料的單位與資料內容；其他單位將出現資料提供給我們不僅沒有互相競爭的問題，反而會讓更多的使用者有機會進入提供單位的網站。

　　又因為國內沒有一個記錄出現資料的共用資料庫格式，使得這些資料的記錄欄位不一，造成資料分享時的極大障礙。在 TaiBIF 內所使用的資料欄位是根據國際標準 Darwin Core。資料庫欄位不是生物背景人員的研究題材，但是卻會對物種資料的流通造成相當大的影響。使用 Darwin Core 不但省去討論到底需要記錄哪些內容的時間、讓生物專家學者可以花更多的力氣在田野調查；也因為使用國際共通標準使得資料可以不費吹灰之力就與國際接軌。

　　這次活動中 TaiBIF 的使用者回饋並不像前一次參加海洋大學所舉辦的研討會時那麼多，我猜這現象的原因是這次研討會的與會者背景比前一次研討會與會者的背景來的多元；這次活動中有不算少的營利單位，不像上次主要都是學術單位的人參加。因為與會者背景的不同，有不少比例的人表示不知道 TaiBIF 這個網站，所以我覺得這次算是有推廣到我們的網站，有些朋友在了解後覺得這個網站的想法很不錯，值得好好的繼續做下去。

　　 TaiBIF 網站本身的重點不在於學術性論文的發表，而是作為有志於學術研究的學者相當重要的研究基礎資料的來源。身為程式開發者的我相信，開發網站最重要的事情是要親自與使用者對話、了解使用者的想法；大部分的使用者沒有辦法開出軟體需求規格書或是系統架構圖，所以開發者必須與使用者交談，了解他們想要什麼東西，什麼資料與功能對他們而言是有意義的，寫出一個使用者會用而且想用的網站比寫出一個有很多功能的網站來的重要。

筆者於2009年參加TDWG年會時，聽到一位講者介紹關於linked open data 時，講者順道提了英國目前由Tim Berners-Lee進行資料公開上網的消息，而他們所採用的技術為RDFa，希望透過這種Light-Weight RDF可以有效的整合目前存在網路上的「公開資訊」。

傳統上而言Web 提供是一個豐富的分散式的資訊，一個HTML文件可能包含一個標題，接下來用小字型寫了一個子標題、一個斜體、粗體等方式表達網頁的具體內容，最後在包含幾個超鏈結的網址，而現今的網頁中大都遵循這樣的架構，然而這樣的透過瀏覽器的解讀變成人類可以思考理解，對機器而言它卻不知到哪些是文章的標題、哪些是發表日期、哪些是分類的連結，機器與人類的理解存在一些gap。

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　　在”如何利用TAPIR進行中文資料的mapping”文章中告訴各位如何利用 TAPIRLINK 軟體分享資料中的中文欄位，但是因為檔案的遺漏跟錯誤，於是 TaiBIF 進行了一些修正，如果您有對映 http://140.109.29.92/tapirlink/darwinxml/darwin_c.xml 這個檔案的話請您先按圖一中的 unmap 按鈕後再依照”如何利用TAPIR進行中文資料的mapping”重新對映一次。

圖一

　　筆者本身的測試網站為 http://localhost/tapirlink070/，環境是 Windows XP+Apache+PHP+MySQL。在新增資源時，如圖二畫面對映中文欄位。

圖二

　　新增資源完畢後緊接著再查看資料分享的狀況。筆者開了一個 IE 瀏覽器在網址列中打入了http://localhost/tapirlink070/www/tapir.php/TFRI?op=s&f=(http://rs.tdwg.org/dwc/dwcore/ScientificName%20like%20%22Abaciscus%20costimacula%22)&m=http://rs.tdwg.org/tapir/cs/dwc/1.4/model/dw_core_geo_cur.xml，畫面中出現的一筆資料如圖三。

圖三

　　奇怪不是說會有中文資料嗎，為什麼還是一樣沒有呢？在筆者輸入網址的最後一個參數 m=http://rs.tdwg.org/tapir/cs/dwc/1.4/model/dw_core_geo_cur.xml 代表的是我們希望查詢後，根據 http://rs.tdwg.org/tapir/cs/dwc/1.4/model/dw_core_geo_cur.xml 決定每筆資料會有哪些欄位，在 dw_core_geo_cur.xml 中並沒有 TaiBIF 新增的中文欄位，所以 TaiBIF 又新增了一個 output model http://140.109.29.92/tapirlink/model/output_record.xml，讓查詢結果會有中文資料。
　　接著筆者又在網頁瀏覽器的網址列輸入 http://localhost/tapirlink070/www/tapir.php/TFRI?op=s&f=(http://rs.tdwg.org/dwc/dwcore/ScientificName%20like%20%22Abaciscus%20costimacula%22)&m=http://140.109.29.92/tapirlink/model/output_record.xml 發現 TaiBIF 新定義的中文欄位果然跑出來了，但是只要是中文資料的話，中文字都會變成”?”符號。
　　先前提到，筆者本身用的資料庫是 MySQL，要從 MySQL 資料庫中取出 UTF-8 編碼的中文字時要先執行一個動作 “SET NAMES ‘utf8′;”，所以我找到了 TAPIRLINK 程式的 classes\TpDataSource.php，在第324行開始加入下列程式碼：
// added for Chinese
if ((‘mysqlt’ == $this->mDriverName) && (‘UTF-8′ == $this->mEncoding))
{
$this->mConnection->Execute(“SET NAMES ‘utf8′;”);
}
存檔後刪除 TAPIRLINK 快取，重新在瀏覽器網址列中輸入http://localhost/tapirlink070/www/tapir.php/TFRI?op=s&f=(http://rs.tdwg.org/dwc/dwcore/ScientificName%20like%20%22Abaciscus%20costimacula%22)&m=http://140.109.29.92/tapirlink/model/output_record.xml 範例結果如圖四。

圖四

　　這麼一來我們就可以使用 TAPIRLINK 分享資料的中文欄位了。

現在的網站常使用javascipt製作目錄式選單，另外一方面因為youtube影音平台的快速興起，非常容易在網站上嵌入一段影片。


只要貼上這段HTML語法到網頁上即可。
但如果你的網頁上有使用Javascript的語法，就會出現選單被這段影片所覆蓋，解決的方法參考http://kb2.adobe.com/cps/142/tn_14201.html，只要修改兩個地方

分類學資料庫工作小組（Taxonomic Databases Working Group, TDWG）於1985年正式成立時，主要是解決世界上主要的植物標本館之間標本資訊整合為首要目標，至1994年時，IUBS（International Union of Biological Sciences）決定其拓至其它生物領域，發展至今目前TDWG的成員已包含世界各國動物學、地質學、微生物學等典藏研究機構，2008年起並將組織名稱加上生物多樣性資訊標準(Biodiversity Information Standards)，希望可以透過TDWG協助制定與解決更多資料交換與整合的問題。而在目前全球生物多樣性資訊整合的分工架構中，TDWG扮演著技術研發及資料標準與推廣的角色，就今日世界上主要的生物多樣性資訊服務提供者如各標本館、博物館、全球生物多樣性資訊機構、生命大百科等，其資料庫系統與資訊架構均與TDWG關係密切。而台灣數位典藏計畫中生物主題小組所採用Darwin core，也是該組織所推動制定，另外TDWG資訊擷取存取協定(TAPIR) 是近年TDWG積極推廣，並獲得全球生物多樣性資訊機構(GBIF)、世界各博物館、甚至台灣數位典藏計畫所採用。
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于名振  台灣東海大學生物系 

　　地球上已經被生物學家鑑定命名的生物約有一百八十萬種，其中包括約二十六萬種植物，五萬種脊椎動物，八十餘萬種昆蟲。而每年被新鑑定發表而增加的生物不下數千種。據估計未被發現並命名的生物尚有二千萬至五千萬種之多。再加上那些掩埋地層中難以數計的化石生物，種數更是驚人。這樣龐大繁雜的生物類群，如何根據其形體結構的繁簡異同，加以歸納整合，而成為一個有一定秩序的分類系統，從而正確地顯現其間或近或疏的親緣關係，提供為深入研究的基礎，便成為當今生物分類學家非常重要的研究課題。 Read more…

古訓銘  中央研究院生物多樣性研究中心 

　　現在學術界在生物界級的分類上頗混亂(實際上每一個階級都混亂)，有很多不同的分類系統。從我們的資料庫名錄可以看出來真核生物部分的分界是採用 Cavalier-Smith 的分類系統，但是在這個系統是把生物分為六界，而不是七界，病毒沒有被算在內。會變成七界的原因是因為「三域說」的興起，所以再將原核生物分為細菌與古菌。 Read more…

邵廣昭  中央研究院生物多樣性研究中心 

一、 為何生物要命名及分類
       為紀念達爾文誕辰兩百週年(Charles Darwin 200)，全球各地在2009年正紛紛舉辦各種演化論的研討會。相形之下，2007年剛度過三百週年誕辰的分類學之父，瑞典的植物學家，林奈(Carolus Linnaeus, 1707~1778) （圖一），就好像失色不少。這多少也反映了時下生物學界重演化而輕分類的現象，常以為分類是門傳統落伍的學科，只需要在博物館內的少數學者來進行即可，演化才是尖端創新、可登堂奧的生命科學。殊不知生命科學的研究起源於分類工作，且奠基於分類學，如果沒有林奈首創二名法（制）(binomial system)，把各種生物統一命名，即以拉丁文給予一個屬名加上種小名的學名；並建立一個界、門、綱、目、科、屬、種的有階層、有系統的分類架構。否則地球上的同種生物迄今可能還是各命其名，各行其是。 Read more…

洪鈴雅1、顏聖紘2、邵廣昭 1. 
 (1.中央研究院生物多樣性研究中心     2. 中山大學生物科學系)
  
　　分類學家對於一個理想生物分類系統的期待乃是藉由這些分類層級的安排反映各分類群的起源以及它們之間的關係。分類學家依據化石、現生的生物構造、核酸或蛋白質序列，透過親緣關係重建等等方式，提出各種演化假說並據以修訂分類架構。隨著新證據與新技術的發展，以及分類學基礎理論不斷地被修飾，舊的分類架構不斷地被驗證與修訂。

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TaiBIF 地圖服務需求規劃

接續上篇「TaiBIF 地圖服務建置歷程」，因此TaiBIF的地圖規劃必須包含下面幾項功能：

• 呈現不同條件的物種分布狀況：地圖服務最為基礎的功能為顯示不同條件下的物種分布狀況，從單一物種分布、甚至某一分類群（從界、門、綱、科、屬）的高階分類的分布情況；或某人過去的採集記錄；甚至大到一整個資料集的分布狀況，均可以透過TaiBIF的地圖服務呈現。
• 以地圖方式搜尋某一地區物種分布：若有特定需求想查詢某一地點標本的資料，可以利用系統平台上地理空間框選的功能以獲得該地區資訊。步驟如下：

1. 點選Google Map上 功能，平移或放大方框至欲查詢的位置
2. 紅色方框四個角分別具有「+」「-」以及拖曳的功能，協助調整框選區塊位置及大小，點選圖面上 ，即可查詢到該地區的資料。
3. 延伸查詢: 地圖框選後查詢的資料通常涵蓋範圍較廣，可利用資料表格上的搜尋功能限定查詢資料，或者透過Google Map上放大及平移的功能，點選系統設定最小2*2 公里的網格，獲得更為精確的地理位置及採集紀錄資料。

• 套疊不同圖層：地圖服務除了可展示該採集地相對空間資訊外，同時也可利用GIS特有的套疊功能，套疊相同地區不同地理圖層。TaiBIF的地圖服務採用google map為其核心，故可利用物種分布狀況與google 本身所提供地圖、衛星影像及地形圖的進行套疊。因為資料庫所蒐集的物種的採集資料早從19世紀到現在，大約有一百年時間差距，因此系統特別加入台灣堡圖（1898~1094年代）為基礎的地圖，當有採集資料為早期的採集時，可以透過與台灣堡圖（中研院GIS編製）套疊分析獲得當時時空背景資料。如下圖，當時的採集是1911-08-25 所採集，左邊為套疊現今google map的圖，該地已經為住宅區，但套上台灣堡圖後，約100年前還是一片平野之地。

註:地圖服務中套疊台灣堡圖，為利用中研院GIS小組所開發API。

小結：TaiBIF的地圖服務原為ArcIMS，2008年改以Google map作為核心顯示部分，期望這種便利操作可以帶給使用者更佳地圖資訊呈現及一種全新的觀感，期望可以創造在「google map」中使用較為複雜「WebGIS」功能，並可繼續保有原google map操作便利性。